《隱者的目錄》主題為網路經典都市傳說──蟬(Cicada)3301。在一系列超高難度的密碼學測驗後，蟬3301的正體至今依然成謎，沒人知曉其背後真正的目的。調查員們接下尋找失蹤密碼學家森崎蔚子的委託展開調查，一步步了解神秘組織背後的真相。